区别：
1. InnoDB 支持事务，MyISAM 不支持，对于 InnoDB 每一条 SQL 语言都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条 SQL 语言放在 begin 和 commit 之间，组成一个事务；
2. InnoDB 支持外键，而 MyISAM 不支持。对一个包含外键的 InnoDB 表转为 MYISAM 会失败；
3. InnoDB 是聚集索引，使用 B+Tree 作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按 B+Tree 组织的一个索引结构），必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
MyISAM 是非聚集索引，也是使用 B+Tree 作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
也就是说：InnoDB 的 B + 树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值；而 MyISAM 的 B + 树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针。
4. InnoDB 不保存表的具体行数，执行 select count(*) from table 时需要全表扫描。而 MyISAM 用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量即可，速度很快（注意不能加有任何 WHERE 条件）；
那么为什么 InnoDB 没有了这个变量呢？
因为 InnoDB 的事务特性，在同一时刻表中的行数对于不同的事务而言是不一样的，因此 count 统计会计算对于当前事务而言可以统计到的行数，而不是将总行数储存起来方便快速查询。InnoDB 会尝试遍历一个尽可能小的索引除非优化器提示使用别的索引。如果二级索引不存在，InnoDB 还会尝试去遍历其他聚簇索引。
如果索引并没有完全处于 InnoDB 维护的缓冲区（Buffer Pool）中，count 操作会比较费时。可以建立一个记录总行数的表并让你的程序在 INSERT/DELETE 时更新对应的数据。和上面提到的问题一样，如果此时存在多个事务的话这种方案也不太好用。如果得到大致的行数值已经足够满足需求可以尝试 SHOW TABLE STATUS
5. Innodb 不支持全文索引，而 MyISAM 支持全文索引，在涉及全文索引领域的查询效率上 MyISAM 速度更快高；PS：5.7 以后的 InnoDB 支持全文索引了
6. MyISAM 表格可以被压缩后进行查询操作
7. InnoDB 支持表、行 (默认) 级锁，而 MyISAM 支持表级锁
InnoDB 的行锁是实现在索引上的，而不是锁在物理行记录上。潜台词是，如果访问没有命中索引，也无法使用行锁，将要退化为表锁。
例如：
t_user(uid, uname, age, sex) innodb;
uid PK
无其他索引
update t_user set age=10 where uid=1; 命中索引，行锁。
update t_user set age=10 where uid != 1; 未命中索引，表锁。
update t_user set age=10 where name='chackca'; 无索引，表锁。
8、InnoDB 表必须有唯一索引（如主键）（用户没有指定的话会自己找 / 生产一个隐藏列 Row_id 来充当默认主键），而 Myisam 可以没有
9、Innodb 存储文件有 frm、ibd，而 Myisam 是 frm、MYD、MYI
Innodb：frm 是表定义文件，ibd 是数据文件
Myisam：frm 是表定义文件，myd 是数据文件，myi 是索引文件
如何选择：
1. 是否要支持事务，如果要请选择 innodb，如果不需要可以考虑 MyISAM；
2. 如果表中绝大多数都只是读查询，可以考虑 MyISAM，如果既有读也有写，请使用 InnoDB。
3. 系统奔溃后，MyISAM 恢复起来更困难，能否接受；
4. MySQL5.5 版本开始 Innodb 已经成为 Mysql 的默认引擎 (之前是 MyISAM)，说明其优势是有目共睹的，如果你不知道用什么，那就用 InnoDB，至少不会差。
InnoDB 为什么推荐使用自增 ID 作为主键？
答：自增 ID 可以保证每次插入时 B + 索引是从右边扩展的，可以避免 B + 树和频繁合并和分裂（对比使用 UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。
innodb 引擎的 4 大特性
插入缓冲（insert buffer), 二次写 (double write), 自适应哈希索引 (ahi), 预读 (read ahead)